É possível selecionar quais blocos de alteração (conhecidos no git como "hunks") serão colocados no índice para o próximo commit através do comando:
git add -p [nome do arquivo, caso nenhum seja informado, todos os arquivos são verificados]
Acho que é possível informar mais de um nome de arquivo nesta opção, mas não testei (se alguém testar me diga, por favor :-) ).
Este comando abre uma interface bem simples para quem está acostumado com a linha de comando dos SOs da família *nix. Os comandos mais frequentes nesta interface são:
y: inclui o hunk atual no índice
n: não inclui o hunk atual
q: finaliza a interface, mantém os hunks já adicionados
?: ajuda